元马镇卫生院地处县城，始建于1958年5月，历经沧桑，曾经三迁院址，由一个毫不起眼的街道小诊所，发展至今已经初具规模，成为我县乃至我州小有名气的乡镇卫生院。在县委、县政府、上级卫生行政主管部门正确领导、关心和大力支持下，医院党政领导班子团结带领全院职工，自强不息、艰苦创业，始终坚持 自尊自强自爱、爱民爱院爱家、团结仁爱奋进 的十八字办院精神，不断加强内涵建设和管理，不断提高医疗服务质量，促进了医院的快速发展。为发展元谋的基层卫生医疗事业，保障人民群众的身体健康，宣传健康卫生知识发挥了重要作用。
元马镇卫生院于2007年12月成为我州第一批挂牌的社区卫生服务中心，既是乡镇卫生院又是社区卫生服务中心两位一体的基层医疗卫生机构。2014年经楚雄州卫生局评审为一级甲等优秀卫生院。医院设置有内科（内一科、内二科、内三科）、门诊科（含中医科和口腔科）、妇科、外科等六个临床科室和慢性病门诊；药剂科、医技功能科（检验科、放射科）两个医技科室；财会后勤科及公共卫生科、院办、医务科、护理部等职能科室。
